Hakan Fidan 1986dan 2001e kadar Türk Silahlı Kuvvetlerinde astsubay olarak görev aldı.

Askerliği kendi isteğiyle bırakan Fidan, University of Maryland University Collegeden Yönetim ve Siyaset Bilimi alanından lisans dereceleri aldı.

Bilkent Üniversitesinde Dış Politikada İstihbaratın Yeri isimli teziyle mastır yaptı. Aynı üniversitede 2006da da Bilgi Çağında Diplomasi: Antlaşmaların Doğrulanmasında Enformasyon Teknolojilerinin Kullanımı başlıklı tez ile doktora yaptı.

Viyanada Uluslararası Atom Enerjisi Kurumunda, Cenevrede Birleşmiş Milletler Silahsızlanma Enstitüsünde ve Londrada Verification Technologies Research Centerda akademik çalışmalarını sürdürdü.

Hacettepe ve Bilkent üniversitelerinde akademisyenlik yaptı. Almanyadaki NATO Süratli Reaksiyon Kolordusu Karargahında da çalışan Fidan 2001den itibaren iki yıl Avustralya Türkiye Büyükelçiliğinde Kıdemli Siyasi ve Ekonomik Danışman olarak görevi yaptı. 2003te Başbakanlık Türk İşbirliği ve Kalkınma İdaresi Başkanlığı (TİKA) Başkanlığına atandı.[3] 14 Kasım 2007de Başbakanlık müsteşar yardımcılığı görevine gelen Fidan, 2008 Kasım ayında Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine atandı.

8 Mart 2008de de Uluslararası Ahmet Yesevi Üniversitesi mütevelli heyeti üyesi oldu ve bu görevinden Şubat 2011de istifa etti.

17 Nisan 2009da Millî İstihbarat Teşkilatı müsteşar yardımcılığına getirildi. Emre Tanerin görev süresinin dolmasının ardından, 25 Mayıs 2010 tarihinde MİT Müsteşarı görevine atandı.

7 Şubat 2012 tarihinde Başsavcı Sadrettin Sarıkaya tarafından, KCK operasyonu kapsamında şüpheli sıfatıyla ifadeye çağrıldı.

Bunun üzerinde Devlet İstihbarat Hizmetleri ve Milli İstihbarat Teşkilatı Kanununun 26. maddesinde değişiklik yapılarak MİT mensuplarının veya özel bir görevi ifa etmek üzere Başbakan tarafından görevlendirilen kişilerin, görevin niteliğinden doğan ve görevi ifa sırasında işledikleri iddia edilen suçlar nedeniyle haklarında soruşturma yapılması başbakanın iznine bağlanmıştır